Resort Hòn Ngọc Phương Nam có 58 phòng ngủ, trong đó có 27 phòng cao cấp và 2 phòng dành cho khách VIP. Bên cạnh đó, có 20 phòng Double dành cho các gia đình xây dựng theo phong cách truyền thống Việt Nam, được trang bị đầy đủ máy lạnh, máy nước nóng, bồn tắm, ti vi truyền hình cáp, tủ lạnh, điện thoại, nội thất cao cấp, hiện đại… Mỗi phòng là một không gian riêng để cho du khách sau những ngày làm việc căng thẳng sẽ được nghe tiếng sóng biển vỗ bờ trong đêm hay ngắm nhìn hoàng hôn tuyệt đẹp (ngoài ra còn có phòng internet, bar và karaoke).